يعمل المركز الخليجي للوقاية من الأمراض ومكافحتها على دعم تطوير برامج، سياسات، وممارسات تعاونية في مجال الصحة العامة قائمة على الأولويات الصحية الحالية في دول مجلس التعاون الخليجي. 
حيث يعمل المركز الخليجي للوقاية من الأمراض ومكافحتها، بعد الاطلاع على أفضل الأدلة والبيانات المتاحة على تحديد الأنشطة اللازمة للتعامل مع الأولويات الصحية في الدول بهدف تحديد الثغرات الصحية والعمل على سدها وتحديد القدرات الصحية والعمل على تطويرها. 
وبهدف دعم برامج وسياسات الصحة العامة يعمل المركز على تحقيق الأهداف التالي:
• التعاون مع الدول الأعضاء لوضع استراتيجية إقليمية للصحة العامة
• وضع برامج تركز على الأمراض/عوامل الخطورة لتحسين الصحة العامة في الدول الأعضاء
• وضع وتكييف السياسات والإجراءات والبروتوكولات لتوجيه مبادرات الصحة العامة
ولا يمكن للمركز الخليجي للوقاية من الأمراض ومكافحتها تحقيق تلك الأهداف من خلال العمل بمعزل عن غيره. وعليه يتم الاعتماد على دعم وتعاون نظراء وهيئات وخبراء في مجال الصحة العامة في دول مجلس التعاون، تتمثل إحدى آليات تيسير هذا الدعم تشكيل شبكات اتصال خليجية دائمة في مجالات صحية متعددة التي تسبب أو من المحتمل أن تسبب حالات مرضية خطيرة أو وفيات وكذلك يتم الدعم من خلال التعاون مع بيوت خبرة خليجية.

تشمل برامج الصحة العامة:

•  برامج الأمراض غير المعدية

• برامج الأمراض المعدية

• برامج الإصابات