يهدف قسم طوارئ الصحة العامة وبرامجه ذات العلاقة بالعمل على تعزيز التأهب، الكشف المبكر والاستجابة السريعة للمخاطر الصحية في منطقة الخليج وكذلك تقييم التعافي من حالات الطوارئ الصحية السابقة. وتشمل طوارئ الصحة العامة المخاطر ذات الطبيعة البيولوجية والكيميائية والنووية والبيئة التي تهدد الصحة العامة. تعمل برامج القسم على تعزيز التأهب ودعم الاستجابة لهذه الطوارئ من خلال:

• مراقبة المخاطر والتهديدات الصحية الإقليمية وتوفير إنذارات مبكرة ومعلومات دورية.
• توفير قنوات تواصل بين دول الخليج لتبادل المعلومات وأفضل معايير العمل على طوارئ الصحة العامة والمساهمة في تطوير وتفعيل الفعاليات المشتركة في هذا الجانب.
• المساهمة في توفير أحدث أدوات التأهب لتهديدات الصحة العامة لدول الخليج.
• العمل كمركز طوارئ لتنسيق أنشطة الاستجابة لطوارئ الصحة العامة.
• تنشيط ونشر فرق استجابة سريعة لدعم أنشطة احتواء طوارئ الصحة العامة ذات الأهمية الإقليمية.